AMIからインスタンスを作成した際、インスタンス作成画面で新しいKeyPairを指定しても、出来上がったものへは元のインスタンスのKeyPairでしかログインできないことがあった。
これは、rootの/root/.ssh/authorized_keysが書き換わらないためである。
CentOS release 6.4またはその系統固有と考えられる。
Ubuntu系ではならなかった。
現在マーケットプレイスにある最新のCentOS 7系では、デフォルトユーザーがrootではなくなっているので、この現象は起こらないかもしれない。

新しいKeyPairでログインできるよう、
Amazon EC2のAPIからインスタンス作成時に指定したKeyPairの公開鍵を取得し、上書きする。